在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和四个情同儿子的家人待在一起。尤其是最近纽约市出现了一系列无法解释的古怪事件，让斯普林特更加眉头紧锁……
原来非常富有的实业家马克西米林安·J·威特斯培养收集了一支由古老的怪兽组成的军队，正在对这个世界虎视眈眈，而惟一能够阻止他的，除了由超级神龟组成的忍者四人组，不做他想。里奥纳多·达·芬奇、米开朗基罗、多纳泰罗·爱因斯坦和拉斐尔，再加上一直以来都在帮助他们的忠实老朋友、女记者爱普尔·奥尼尔和凯西·琼斯，神龟们再一次被迫进入战备阶段。怪兽军队和臭名昭著的神秘忍者组织Foot Clan，他们都成了支持威特斯搞乱世界的帮凶。
幕后：
【新的开始，新的故事】
1984年，皮特·拉尔德(Peter Laird)和凯文·伊斯特曼(Kevin Eastman)共同创作了《忍者神龟》的系列漫画，让超级英雄第一次以乌龟的形象示人……漫画出版的时候不但是黑白画面的，而且只印了区区3000册。然而让他们想象不到的是，几乎就在眨眼之间，漫画书被抢购一空。在随后不到一年的时间里，拉尔德和伊斯特曼取得将漫画中角色制造成玩偶的许可证。又一个九年过去之后，“忍者神龟”演变成了电视卡通系列剧和三部真人电影。而于上世纪90年代初上映的真人版电影，不论是艺术级的动画制作还是专业的武术编排，都给全世界的观众提供了一种崭新的电影形式。
制片人托马斯·K·格雷(Thomas K。 Gray)--他同时也是前三部“神龟”电影的制片人，在他看来，可爱的神龟们是时候杀回来了：“我希望这些绿色的超级英雄应该在电影领域再提高一个档次，通过这部新的动画长片来尝试一些我们之前从未做过的事情。在过去超过20多年的时间里，神龟已经成为美国多个地区最受欢迎的人物玩具，随后又流行于欧洲、澳洲以及亚太地区的大部分国家。可以说，电视上播放的系列动画片是使神龟拥有强大粉丝团的主要原因，如今，这些粉丝虽然已经长大成人，但当初的情怀是不会改变的，即使如此，神龟仍然需要开拓一种全新的方式，以便能够给这些人留下完全不同的印象。”
《忍者神龟》系列永恒的成就，是这个故事被重新搬上大银幕的基本保证与强大后盾。不过，托马斯·K·格雷仍然对新版神龟影片能否站得住脚感到有点如履薄冰，可以说，硬是让这些生活在下水道中的英雄们回到大银幕上，不啻为一个危险的任务。如何吸引新生一代的目光是格雷下放给新版影片的主要任务，所以他找来同是新新人类的代表凯文·门罗(Kevin Munroe)，而门罗的表现并没有让格雷失望，他回忆当时的情形：“门罗设计了一款非常棒的预告片拿给我看，显而易见，他对这四只可爱的小神龟有着深厚的感情，而我也非常喜欢他的创意。我放心地将这部作品全权交给他处理。”现在看来，可以明确的一点是，凯文·门罗肯定会为“忍者神龟”系列翻开一个全新的篇章。
